Como nem sempre a largura de banda disponível é a maior e é preciso estar a usar parte dela para outras coisas que não a actualização do sistema, convém definir a velocidade limite com que o apt descarrega os pacotes.

Abaixo, ficam duas formas de aplicar este limite. Uma é temporária e a outra permanente (mas pode ser alterada ou removida a qualquer altura).

Temporária:
Usar o parâmetro "-o" com o apt-get. Ex.: sudo apt-get -o Acquire::http::Dl-Limit=25 upgrade (neste caso, limita-se a velocidade de download a 25KB/s)

Permanente:
Criar o ficheiro /etc/apt/apt.conf.d/76download e colocar dentro dele o seguinte conteúdo (novamente, limitando a velocidade de download a 25KB/s):

Acquire
{
Queue-mode "access";
http
{
Dl-Limit "25";
};
};

Parecendo que não, é coisa que dá jeito quando a velocidade de download é diminuta e há mais pessoas a usar esta já por si lenta ligação.